NIPT- Giải pháp tách chiết và chuẩn bị thư viện NIPT trên hệ thống NGS của Illumina
* Các hóa chất bao gồm:
1. Kít tách chiết từ huyết tương – Plasma Free Circulating DNA Extraction Kit, code: EK100101416
2. Kít chuẩn bị thư viện NGS Library Preparation Kit Manual for NIPT, code: XK-038-48
3. NGS Universal Index (Illumina) – Các Barcode Prime ID để nhận diện giữa các mẫu chạy trong cùng 1 mẻ chạy
4. Phần mềm phân tích Chromgo
* Các hệ thống tương thích:
– HiSeq1000/2000/2500
– NextSeq500/550
– Miseq
– MiniSeq
– Các hệ thống giải trình tự của Illumina khác
* Mục đích:
– Tỷ lệ trẻ bị dị tật ở Việt Nam hiện là 1/33, chủ yếu là bệnh Down, Patau và Edwards. Việc xét nghiệm NIPT sẽ giúp phát hiện sớm các bất thường của thai nhi. Thu thập các DNA Cell-free của thai nhi từ 9 – 24 tuần trong máu của người mẹ và phân tích để phát hiện các bất thường trên NST 13, 18, 21 (X, Y), các thể 3 nhiễm sắc thể giới tính hoặc thể đơn bội của thai nhi.
– Các bệnh phát hiện:
+ Tam bội NST 13: Hội chứng Patau
+ Tam bội NST 18: Hội chứng Edwards
+ Tam bội NST 21: Hội chứng Down
+ Tam bội NST giới tính XXX: Hội chứng siêu nữ
+ Tam bội NST giới tính XXY: Hội chứng Klinfelter
+ Tam bội NST giới tính XYY: Hội chứng siêu nam
– Các trường hợp không phát hiện được:
+ Đột biến mất vi đoạn, lặp vi đoạn
+ Các thể tam bội hoặc lệch bội ở các nhiễm khác ngoài NST 13, 18, 21, NST giới tính.
* Đối tượng sử dụng dịch vụ:
– Tuổi người mẹ cao (> 35 tuổi)
– Gia đình có tiền sử bệnh về lệch bội
– Có kết quả sàng lọc huyết thanh và kết quả siêu âm bất thường
– Có triệu chứng không phù hợp để làm sinh thiết
+ Sảy thai nhiều lần
+ Nhiễm trùng ác tính
+ Có khynh hướng chảy máu và sốt
– Người mang bất thường nhiễm sắc thể di truyền
– Tuổi thai trên 20 tuần nhưng dưới 24 tuần:
+ Không làm sàng lọc huyết thanh (9-20 tuần thai)
+ Không làm chẩn đoán trước sinh xâm lấn (16-20 tuần thai)
* Quy trình:
– Các bước thực hiện:
1. Phân lập huyết tương từ máu toàn phần (Huyết tương thu được khoảng 3,5 – 5 ml từ 7 – 10 ml máu toàn bộ ngoại biên của mẹ)
2. Tách chiết DNA cell-free
3. Chuẩn bị thư viện NIPT
+ Kích thước thư viện: Từ 200 – 400 bp
+ Kích thước trung bình: 300 bp
+ Nồng độ thư viện: 1 – 5 ng/uL
+ Nồng độ thư viện trung bình: 3 ng/uL
+ Nồng độ Cell-free DNA bé nhất: 0,5 ng/uL
4. Tinh sạch và định lượng thư viện (Loại bỏ các Index chưa được gắn, Dimer và các tạp chất khác)
5. Giải trình tự NGS (Nextseq/Hiseq 2500)
6. Phân tích trên phần mềm Chromgo
* Các hóa chất bao gồm:
1. Kít tách chiết từ huyết tương – Plasma Free Circulating DNA Extraction Kit, code: EK100101416
2. Kít chuẩn bị thư viện NGS Library Preparation Kit Manual for NIPT, code: XK-038-48
3. NGS Universal Index (Illumina) – Các Barcode Prime ID để nhận diện giữa các mẫu chạy trong cùng 1 mẻ chạy
4. Phần mềm phân tích Chromgo
* Các ưu điểm:
– Không xâm lấn và an toàn:
+ Dễ dàng thu thập 7-10 mL máu ngoại vi của mẹ
+ Không có nguy cơ sảy thai
– Quy trình thí nghiệm đơn giản và nhanh chóng
– Chính xác
+ Độ nhạy (Dương tính thật) và giá trị tiên đoán âm NPV (số mẫu kết quả âm tính/số mẫu thực tế âm tính) = 100%
+ Độ chính xác > 99%
+ Độ đặc hiệu (Âm tính thật) và giá trị tiên đoán dương PPV (Số mẫu kết quả dương tính/số mẫu thực tế dương tính)> 95%
– Đáng tin cậy
+ Phân tích trực tiếp DNA tự do của thai nhi bằng các phương pháp đã được kiểm chứng.
+ Thiết lập phân tích dữ liệu và được thực hiện nhanh chóng trên phần mềm ChromGo thân thiện và dễ sử dụng, không yêu cầu chuyên môn về tin sinh học
Yikon Genomics được thành lập vào mùa hè năm 2012 bởi Tiến sĩ Sunney Xie, giáo sư hóa học và sinh học hóa học tại Đại học Harvard và nghiên cứu sinh cũ của ông là Tiến sĩ Sijia Lu. Yikon được tài trợ bởi các quỹ đầu tư mạo hiểm cũng như các khoản tài trợ nghiên cứu của chính phủ. Yikon có các phòng thí nghiệm nghiên cứu và giải trình tự tại Bắc Kinh và Taizhou, và địa điểm sản xuất ở Tô Châu, Giang Tô, cũng như phòng thí nghiệm chẩn đoán trong ống nghiệm lâm sàng (IVD) được chứng nhận tại Thượng Hải.
Yikon Genomics là một công ty hàng đầu về giải pháp giải trình tự tế bào đơn . Hiện tại dựa trên công nghệ MALBAC® đã được cấp bằng sáng chế của Đại học Harvard, Yikon cung cấp các giải pháp hoàn chỉnh trong lĩnh vực sức khỏe sinh sản và chẩn đoán ung thư với sinh thiết khối u lỏng. Các giải pháp MALBAC-PGS™ và MALBAC-PGD™ cung cấp kết quả xét nghiệm phôi chính xác và toàn diện nhất cho các bác sĩ để chọn phôi tốt nhất có số lượng bản sao nhiễm sắc thể cân bằng, không thừa hưởng các alen liên quan đến bệnh đã biết. Các giải pháp MALBAC-PGS ™ và MALBAC-PGD ™ đã giúp hàng nghìn cặp vợ chồng mang thai thành công. Yikon sẽ tiếp tục mang lại cho mọi người niềm hy vọng và niềm vui trong cuộc sống.
Yikon Genomics tập trung vào việc phát triển và cung cấp các sản phẩm và dịch vụ phân tích di truyền để chẩn đoán trong ống nghiệm (IVD). Yikon cũng cung cấp các bộ khuếch đại tế bào đơn độc đáo dựa trên công nghệ MALBAC® đã được cấp bằng sáng chế giúp khuếch đại trước axit nucleic mức pico-gam thành microgram trước khi chuyển đổi gen và phân tích biểu sinh, từ đó giải quyết các vấn đề chung về số lượng không đủ và tính không đồng nhất của vật liệu di truyền từ các nguồn mẫu khác nhau.
Các nền tảng phân tích axit nucleic như Realtime PCR định lượng, microarray và giải trình tự thế hệ tiếp theo thường yêu cầu các mẫu ban đầu phải đáp ứng ngưỡng chất lượng và số lượng cụ thể để tạo ra dữ liệu có thể tái tạo và chính xác. Các yêu cầu mẫu tối thiểu về số lượng và chất lượng này không dễ dàng đạt được trong nhiều ứng dụng, đặc biệt là trong lĩnh vực pháp y và IVD. Các mẫu cực nhỏ như tế bào đơn, huyết tương, nang lông, vết máu, chọc hút bằng kim nhỏ và vi phẫu thuật bắt tia laser thường là những thách thức nghiêm trọng đối với tất cả các xét nghiệm di truyền liên quan đến việc phát hiện đột biến điểm, biến thể số lượng bản sao, cảm ứng, dung hợp gen và biểu hiện.
Công nghệ MALBAC® là công cụ mạnh mẽ nhất cho đến nay để vượt qua những thách thức này. Nhờ khả năng khuếch đại đồng đều chưa từng có, công nghệ MALBAC® có thể khuếch đại lượng axit nucleic dạng vết (thậm chí là nhiễm sắc thể đơn) lên hàng triệu lần, do đó, có thể thực hiện được các thử nghiệm bất khả thi.
03/2016, em bé sàng lọc nhiễm sắc thể phôi không xâm lấn (NICS®) đầu tiên được sinh ra khỏe mạnh.
11/2015, phòng thí nghiệm lâm sàng được chứng nhận của Yikon Genomics được thành lập tại Thượng Hải, Trung Quốc.
09/2014, em bé đầu tiên được sinh ra khỏe mạnh tránh được bệnh đơn gen cũng như bệnh nhiễm sắc thể dưới sự hỗ trợ của MALBAC-PGD ™ từ Yikon Genomics.
11/2013, bộ gen của tế bào trứng đơn lẻ của người được phân tích bằng công nghệ giải trình tự tế bào đơn MALBAC® được công bố trên tạp chí Cell.
01/2013, Yikon Genomcs Inc. được thành lập tại CA, Hoa Kỳ để phát triển hoạt động kinh doanh ở nước ngoài.
12/2012, bài báo công nghệ MALBAC® được xuất bản trên tạp chí Khoa học.
10/2012, Yikon Genomics (Bắc Kinh) được thành lập với tư cách là trung tâm R&D.
06/2012, Yikon Genomics được thành lập tại Taizhou, tỉnh Giang Tô, Trung Quốc.
